Ο Νεονάκης Εμμανουήλ γεννήθηκε στο Ηράκλειο της Κρήτης το 1981. Σπούδασε Ιατρική στο Πανεπιστήμιο της Ρώμης “La Sapienza” όπου διακρίθηκε με υποτροφία για το δεύτερο και το τρίτο έτος. Αποφοίτησε από την Ιατρική σχολή του Αριστοτελείου πανεπιστημίου της Θεσσαλονίκης με βαθμό πτυχίου Λίαν Καλώς.
Αφού εκπλήρωσε την στρατιωτική του θητεία και την υπηρεσία υπαίθρου, εκπαιδεύτηκε και ολοκλήρωσε την ειδικότητα του στο 251 Γενικό Νοσοκομείο της Αεροπορίας στην Αθήνα.
Παράλληλα με την ειδικότητα του συμμετείχε επί σειρά ετών ως εκπαιδευόμενος στο ειδικό ιατρικό κέντρο αναφοράς (reference center) της μεθόδου ΑΜΙS ( Ελάχιστης επεμβατικότητας Χειρουργικής του Ισχίου ) στο Iaso General Hospital στην Αθήνα.
Τιμήθηκε από την Ευρωπαϊκή εταιρία Ορθοπαιδικής EFORT ( European Federation of National Associations of Orthopedics and Traumatology ) με ετήσια υποτροφία για εξειδίκευση στην Χειρουργική της άρθρωσης του Iσχίου και του Γόνατος στην Πανεπιστημιακή Κλινική του διεθνούς φήμης Ορθοπαιδικού Ινστιτούτου RIZZOLI Bologna στην Βόρεια Ιταλία. Εκεί εκπαιδεύτηκε από τον Καθηγητή και Διευθυντή της πρώτης Ορθοπαιδικής Κλινικής Cesare Faldini και τον Καθηγητή Francesco Traina.

Επέστρεψε στην Ελλάδα για να αναλάβει θέση επιμελητή για ένα χρόνο στην Ορθοπαιδική Κλινική του Νοσοκομείου Παίδων Αθηνών “ Η Αγία Σοφία ”.
Το 2019 τιμήθηκε με υποτροφία από την Ελβετική εταιρία Ορθοπαιδικής και Τραυματολογίας AO FOUNDATION για εξειδίκευση στο Ορθοπαιδικό Τραύμα (AO TRAUMA fellowship), στην Πανεπιστημιακή Κλινική του Ορθοπαιδικού Κέντρου αναφοράς Τραύματος στο Leeds του Ηνωμένου Βασιλείου. “Leeds Teaching Hospitals NHS TRUST UK ” , υπό την επίβλεψη του Καθηγητή Peter Giannoudis.
Από το 2018 εως  το 2022 κατείχε μόνιμη θέση Επιμελητή στην 3η Ορθοπαιδική Κλινική Χειρουργικής Ελάχιστης Επεμβατικότητας μεγάλων αρθρώσεων του Νοσοκομείου Metropolitan General Hospital Athens.

Απο το 2022 εως και σήμερα ειναι Επιμελητής της Δ’ Όρθοπεδικής Κλινικής του Νοσοκομειου ΚΑΤ. Το Γενικό Νοσοκομείο ΚΑΤ Αττικής ειναι το μεγαλύτερο Ορθοπαιδικό Νοσοκομείο και κεντρο Τραυματος στην Ελλάδα.

Είναι έγγαμος και έχει ενα υιό τον Μιχάλη Νεονάκη